본 지침은 지하수 업무를 담당하는 지자체 공무원의 업무 편의를 도모하는 한편, 지하수 업계 종사자에게도 도움이 될 수 있도록 법 해설을 포함하여 각종 행정 절차 및 기술적인 사항들을 이해하기 쉽게 만들었다. 본 지침은 크게 총론, 행정절차 및 제도규정, 지하수 영향조사·심사, 지하수 이용실태조사, 지하수 불용공 관리, 지하수 기초조사 지침으로 구성되어 있으며, 지하수 관련 업무를 수행하는데 필요한 행정처리 지침과 기술적인 정보를 찾아볼 수 있도록 하였다.